Operativni sistem je Android u 4.1.1. verziji, prilagođen od strane Asusa. Na prvi pogled će vam se činiti kako Asus nije znatnije mijenjao vanilla Jelly Bean, ali izmjena i dodataka ipak ima. Za sve kojima se vanilla Android sviđa (uključujući i autora teksta), biti će zapravo i drago što nisu napravljene velike izmjene na launcheru i ostatku korisničkog sučelja. Lockscreen je standardan, sa standardnim funkcijama, a dock na dnu homescreena je u potpunosti neizmijenjen u odnosu na stock JB. Iznad njega se na homescreenovima nalaze nizovi prečica za aplikacije ili razni widgeti. Asus je uključio i svoje widgete kao što su task manager, poruka o nepročitanim e-mailovima, zatim prognoza vremena i stanje baterije. Battery widget je koristan jer dozvoljava promjenu različitih modova, ali i baratanje sa baterijom docka.

App drawer je podijeljen na tri dijela (apps, pad only i widgets), a aplikacije su poredane po abecedi. Asus je uz standardne uključio i dosta svojih aplikacija pa su tu Amazon Kindle, AppBackup, AppLocker, Asus Story, Asus Studio, Audio Wizard, Block List, Buddy Buzz, Instant Dictionary, WebStorage itd.

Od zanimljivih aplikacija izdvajamo Asus Story koji korisniku pomaže u kreiranju foto priča, i to na vrlo intuitivan način. AudioWizard aplikacija omogućuje promjenu postavaka zvuka za različite scenarije – igranje igara, slušanje muzike i gledanje filmova, razgovor ili pak snimanje audio zapisa. Razlika je osjetna, pogotovo na docku/tabletu koji ima SonicMaster zvučnike (razvijeni u suradnji s B&O-om). Instant dictionary je još jedna korisna aplikacija koju je moguće aktivirati da vam pomaže u svim aplikacijama ili pak igrama, a način funkcioniranja je objašnjen tutorialom. Traku s obavijestima (notification area) povlačimo prema dolje a Asus je ovdje malo doradio sučelje.

U podešenjima postoji Asus customized settings u kojem podešavamo specifične postavke kao što su Asus Sync, podešavanje postavaka vezanih za Pad Only aplikacije, Asus Quick Setting, podešavanje kako se ponaša Padfone Station u trenutku dolaznog poziva, zatim njegove politike punjenja, uključivanje Fast Bootupa, MHL-a itd.

Sučelje kamere je vrlo intuitivno a nudi mnoštvo opcija za podešavanje. U donjem dijelu ekrana (ili desnom ako tako orijentirate smartphone) nalazi se prečac za galeriju, tipka za snimanje videa, centralna za snimanje fotografija, brzi izbor načina rada bljeskalice te tipka za prebacivanje između stražnje i prednje kamere. Na gornjoj su strani smještene napredne kontroler. Prva s desna je tipka kojom mijenjamo napredne kontrole za fotografiranje a druga za snimanje videa. Druga tipka je način rada kamere (Normal, Panorama, Beautification, HDR, Portrait itd.). Tipka do nje služi za izbor efekata (Dropper, Vintage, Nostalgia, LOMO itd.). Sljedeća tipka je izbor rezolucije (4:3 – 13, 10, 8 i 5Mpiksela, te 16:9 – maksimalno 6 Mpiksela), a do nje je Exposure tipka (-2 do +2). Posljednja je tipka za dodatna podešavanja poput balansa bijele boje, ISO vrijednosti, odabira Shoot Moda (Shutter, Self Timer, Burst). Na ekranu se nalazi i klizač za digitalni zoom, a prikazuje se i broj fotografija koje možete snimiti u odabranoj rezoluciji.

Kada glavnu kameru koristite na docku/tabletu ona se automatski prebaci u vodoravni mod pri čemu joj se rezolucija smanjuje na 5.5 Mpiksela, ali ju možemo prebaciti u standardni okomiti način rada i rezoluciju od 13 Mpiksela. Sučelje je mrvicu izmjenjeno, tj. digitalni zoom je drugačije riješen u ovome načinu rada. Što se kvalitete fotografija tiče moramo priznati kako ugrađeni Sonyev BSI senzor (f/2.4) stvara fotografije dobre kvalitete, sa zadovoljavajućom oštrinom i dobrim prikazom boja, ali samo uz dobro osvjetljenje.

Kada Padfone 2 koristimo kao tablet, sučelje se tome prilagodi. S obzirom da tablet nema hardverske tipke za navigaciju one sada postaju softverske i nalaze se na donjoj traci čiji je desni dio ujedno i traka za obavijesti. Korisnicima je na homescreenu dostupan Padfone Station Assistant uz pomoć kojeg podešavamo način punjenja, određujemo brzinu provjere inboxa, kako tablet reagira na dolazni poziv, te na koji način se želimo javiti na poziv. Tu je i obavijest o napunjenosti obje baterije, a u traci za obavijesti možemo vidjeti i trenutnu funkciju punjenja baterije smartphonea (animacija se mijenja u ovisnosti da li bateriju punimo putem adaptera ili baterije u docku/tabletu).

Uz tri standardne tipke za navigaciju dodana je i četvrta nazvana Floating widgets čime je omogućeno postavljanje maksimalno dva malena prozorčića preko homescreena ili neke aplikacije. Ovime postaje moguć i multitasking na tabletu, a čitava stvar funkcionira vrlo glatko. Traku za obavijesti je naravno moguće proširiti ali ona ostaje u prozorima u desnom uglu i ne proširi se preko cijelog ekrana kao kada je na smartphoneu. Nakon kraće analize operativnog sistema vidimo kako je Asus ostao dovoljno vjeran stock Android sučelju, a opet je donio neke specifične detalje koji olakšavaju korištenje i poboljšavaju korisničko iskustvo.